פחות מארבע שנים לאחר חניכתם, בחודש ספטמבר 2018, מציינים תחנת ירושלים יצחק נבון והקו המהיר לירושלים 10 מיליון נסיעות ומקדימים את שעות הפעילות בקו. הרכבת הראשונה מהרצליה לירושלים תצא בשעה 5:24 (במקום בשעה 5:54). הרכבת הראשונה מירושלים להרצליה תצא בשעה 6:09 (במקום בשעה 6:39).
מידי יום עוברים בממוצע כ-15-20 אלף נוסעים בתחנת ירושלים יצחק נבון, העושים שימוש בשני הקווים הפועלים בה, הקו אל נתב"ג, ת"א והרצליה, המופעל בתדירות של רכבת אחת מידי חצי שעה, הקו שנחנך לאחרונה לעיר מודיעין, המופעל בשלב זה בתדירות של רכבת אחת מידי שעה.
ברכבת פועלים כעת לשדרוג התחנה והשירות בה, ובחודשים הקרובים מתוכננת הגדלה של תדירות הרכבות אל ומתחנות מודיעין לשתי רכבות בשעה.
כמו כן החלה רכבת ישראל בעבודות לשדרוג התחנה והקמת כניסה מזרחית חדשה אשר תשרת את נוסעי הרכבת המגיעים לצידה המזרחי של התחנה מכיוון שדרות שז"ר והחניון הנבנה מתחתיהן, ללא צורך במעבר לכניסה הקיימת כיום בצידה הדרומי של התחנה, ותשולב במסגרת המהפך התשתיתי המבוצע במסגרת פרויקט "כניסה לעיר" במסגרתו משודרגים צירי התנועה הסמוכים לתחנה, ומוקמים חניונים רבים ובהם חניון שז"ר רחב ההיקף.
הרכבת מקדמת בתוכניות לעשור הקרוב פרויקט לשדרוג והארכת קו האומה מתחת לקרקע, עד לאיזור תיאטרון החאן, בקו תוקמנה שתי תחנות חדשות: הראשונה במתחם בנין בסמוך לכיכר הדווידקה ושוק מחנה יהודה, והשנייה ברחבת החאן.
בשנים הקרובות יחוברו תחנת ירושלים יצחק נבון והקו המהיר גם למסילת 431 המוקמת כיום, שתחבר בין ירושלים ליישובי השפלה ומישור החוף הדרומי.
